Non ci sono notizie storiche certe sulla data della fondazione dell’attuale Genoni, pero i ruderi che sono arrivati fino ad oggi ci parlano di una numerosa presenza umana nella zona che risale ai tempi più remoti della storia. Le domus de janas di Is Piuncheddas, il pozzo sacro di Acala Pomposa, i nuraghi, gli insediamenti di Pran’e Omus e Bruncu Suergiu, sono chiare testimonianze della attività umana in quello che oggi è il territorio di Genoni. Nel 1845 il Casalis diceva: "Sorgeano entro i termini di Genoni molti norachi [nuraghi] e i più avevano delle opere esterne. Essi si appellano Domus de Biriu, Fatu, Perdaligeri, Larunza, Duìdduru, Sussùni, Cijus, Bau-e-peddi, Monticodèris, Corrazzu, Scalamanna, Margini, Lorìas, Coccolò, Lixias, Addòri, Nuraghe Longu, Tresbìas, Corongìu, Santuperdu, Trappàpulus, Nuraghe Piccinnu, Santamaria, Giàru e i quattro detti Gardilonis. Vedonsi dei monumenti di antiche abitazioni presso San Costantino a 5 minuti di distanza del paese, intorno a San Pietro, in distanza di 8, in Pranepreidi, a un quarto e in Biriu a una mezz’ora. E da questo debe conchiudersi che in tali siti fossero le varie parti di esso comune, i rioni o vicinati che dicono i sardi."

Di particolare importanza storica sono i resti delle fortificazioni nuragici e punici che sorgono sulla spianata del Monte Santu Antine (San Costantino). Il massiccio tubolare dove sorgono l’edificazioni ha un’estensione di 400 x 100 metri. Intorno al pendio nella zona settentrionale si trovano ancora le fondazioni rettangolari di alcune torri puniche. Le costruzioni del periodo punico risalgono al V secolo avanti Cristo.

Gli scavi in corso sull’altipiano di Genoni sono finalizzati a chiarirne le vicende storiche che iniziano con la presenza di due nuraghi e proseguono ininterrottamente fino al Medioevo con la chiesetta dei SS. Costantino e Elena, costruita, secondo La Marmora, su un precedente luogo di culto nuragico. Fra gli oggetti rinvenuti negli scavi, una figurina divina maschile, nuda, con monile al collo e lungo scettro, è di vera e propria produzione medio-orientale, d’ambito cosiddetto siro-palestinese, di cronologia precedente o contemporanea alle più antiche fondazioni urbane fenicie d’Occidente. Questo tipo di statuette (altre simili provengono infatti da alcuni siti nuragici della Sardegna) sono segni evidenti di rapporti esistenti in epoca remota tra gli abitanti dell’attuale territorio di Genoni e le genti orientali.

L’interesse del gruppo umano insediato sull’altipiano di Genoni potrebbe essere stata la sua possibilità di controllo delle vie di penetrazione dalla costa sud-orientale dell’Isola e dal fertile Campidano verso le aree produttive (anche minerarie) dell’interno montuoso, raggiunte anche esse da rilevanti importazioni, come mostra per esempio il sito di Orani-Nurdole.

Nell’epoca dei Giudicati, Genoni fecce parte della Parte-Valenza che fu una delle curatorie del regno d’Arborea. Genoni risulta citato fra le parrocchie della diocesi di Arborea che nella metà del secolo XIV versavano le decime alla curia romana. Inoltre, figura tra i villaggi che sottoscrissero la pace fra Eleonora d’Arborea e Giovanni d’Aragona del 1388 e così pure nella Chorographia Sardiniae di G. F. Fara, che è degli anni 1580-1589. L’importanza di Genoni viene confermata in una mappa dell’Insula Sardinia, che risale al 1550 ("Sardiniae brevis historia et descriptio" di Sigismondo Arquer), nella quale appare il nome di Genoni fra i pochissimi paesi segnalati nella mappa.

Sempre secondo il Casalis, a Genoni "nell’anno 1838 erano famiglie 235 e anime 1078, che distinguevansi in 550 maschi e 528 femmine. La comune del decennio scaduto dava annuali nascite 40, morti 25, matrimoni 10. I genonesi sono gente laboriosa, religiosa e generalmente buona. Sono rari i delitti, e in detto anno erano soli 9 detenuti e accusati di colpe leggiere. Dalle famiglie sunnumerate si può notarne applicate 160 all’agricultura, 30 alla pastorizia, 22 a mestieri di ferraro, scarparo, muratore, falegname: alle quale devonsi aggiungere alcune altre che non so sotto qual titolo menzionare, e due famiglie nobili."

Rispetto al nome di Genoni, l’opinione che sembra la più accertata risale almeno allo scrittore sardo del secolo XVII Salvatore Vidal, secondo cui il toponimo Genoni deriva dalla locuzione latina Iunonis, "Tempio di Giunone". Tale opinione ha trovato una forte conferma nel fatto che a Nuragus, cioè a due chilometri di Genoni, è stata rinvenuta una lucerna con bollo Iunonas, che potrebbe essere un genitivo arcaico di dedicazione alla grande dea romana di Giunone. A fondare il tempio dedicato a Giunone potrebbero essere i Valentini, cioè gli abitanti della colonia di Valentia, che i romani avevano fondato fra Nuragus e Nurallao, cioè a tre chilometri da Genoni.